أهم الزيارات في مسيرة العلاقات الثنائية:
- زيارة المغفور له بإذن الله الشيخ زايد بن سلطان آل نهيان لإندونيسيا في مايو من العام 1990 والتي كانت نقطة تحول في تقوية العلاقات الإماراتية - الإندونيسية .
- زيارة صاحب السمو الشيخ محمد بن زايد آل نهيان لإندونيسيا في 24 يوليو 2019.
- زيارة فخامة/ جوكو ويدودو- رئيس جمهورية إندونيسيا للدولة في الفترة من 13-14 سبتمبر 2015.
- زيارة سمو الشيخ عبدالله بن زايد آل نهيان لإندونيسيا في أكتوبر 2010 ونوفمبر 2014.
- زيارة الرئيس الإندونيسي السابق سوسيلو بامبانغ يوديونو لدولة الإمارات في مايو من العام 2006.